ModelSim分幾種不同的版本：SE、PE、LE和OEM，其中SE是最高級的版本。而集成在 Actel、Atmel、Altera、Xilinx以及Lattice等FPGA廠商設計工具中的均是其OEM版本。

MODELSIM SE是主要版本號，也是功能最強大的版本，支持對Verilog和VHDL語言的混合仿真。除了主要版本外，Mentor公司還為各大FPGA廠商提供 OEM版本： XE是為Xilinx公司提供的OEM版，包括Xilinx公司的庫文件；AE是為Altera公司提供的OEM版，包含Altera公司的庫文件；在用特定公司的OEM版進行仿真時不需要編譯該公司的庫文件，但是仿真速度等性能指標都要落后于SE的版本。

SE版和OEM版在功能和性能方面有較大差別，比如對于大家都關心的仿真速度問題，以Xilinx公司提供的OEM版本ModelSim XE為例，對于代碼少于40000行的設計，ModelSim SE 比ModelSim XE要快10倍；對于代碼超過40000行的設計，ModelSim SE要比ModelSim XE快近40倍。以下列表介紹了OEM版本（以Xilinx公司提供的ModelSim XE版本為例）與ModelSim SE版本之間的差異。

ModelSim SE支持PC、UNIX和LINUX混合平臺；提供全面完善以及高性能的驗證功能；全面支持業(yè)界廣泛的標準；Mentor Graphics公司提供業(yè)界最好的技術支持與服務。