在線編程目前有兩種實現方法：在系統(tǒng)編程（ISP）和在應用編程（IAP）。ISP一般是通過單片機專用的串行口對內部的整個Flash存儲器進行編程,而IAP技術是從結構上將Flash存儲器分為兩個部分,當運行一個存儲體上的用戶程序時,可對另一個存儲體重新編程,之后將控制從一個存儲體轉向另一個。而IAP的實現更加靈活：通常可利用單片機的串口，網口，USB等接口在線編程，從而實現代碼的遠程升級。
有些用戶希望產品在實際應用期間能夠通過某種遠程通信方式自動地更新程序內容，顯然ISP已經無法滿足這樣的需求了。新出現的IAP燒錄方式為程序的自我更新提供了有效手段。單片機內部的Flash存儲器保存有用戶的程序代碼，這些代碼在正常運行期間是不能被修改的。但是有了IAP，用戶程序就能夠根據需要（滿足某種條件）自行修改部分甚至全部程序代碼。新的程序代碼可能是程序在運行過程中自動生成的，也可能來自于遠程設備。

Boot代碼必須通過其它手段，如JTAG或ISP燒入；APP代碼可以使用Boot代碼的IAP功能燒入，以后就可以方便地利用IAP功能更新代碼了。 　
這兩部分代碼存放在FLASH的不同地址范圍，一般從最低地址區(qū)開始存放Bootloader，緊跟其后的就是APP程序（注意，如果FLASH容量足夠，是可以設計很多APP程序的）。