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[導(dǎo)讀]麻省理工學(xué)院(MIT)的Markus Buehler擅長(zhǎng)開發(fā)人工智能模型,以設(shè)計(jì)新的蛋白質(zhì)。其中,他最為人所知的技術(shù)即利用聲音化技術(shù),來闡明結(jié)構(gòu)細(xì)節(jié),否則這些細(xì)節(jié)可能難以捉摸?,F(xiàn)在,他的實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)應(yīng)用這種方法來模擬導(dǎo)致新型冠狀病毒(SARS-CoV-2)高傳染率的突刺蛋白的振動(dòng)特性。

對(duì)于阻止病毒傳播的辦法,麻省理工學(xué)院利用聲音化技術(shù),來闡明結(jié)構(gòu)細(xì)節(jié),否則這些細(xì)節(jié)可能難以捉摸。

現(xiàn)在,他的實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)應(yīng)用這種方法來模擬導(dǎo)致新型冠狀病毒(SARS-CoV-2)高傳染率的突刺蛋白的振動(dòng)特性。

他們的研究成果可能有一天能幫助科學(xué)家找出能阻止病毒傳播的最好方法,從而開發(fā)出潛在的治療方法,并希望預(yù)防未來的致命爆發(fā)。


Buehler認(rèn)為,音樂創(chuàng)作的層次元素(如音高、音域、力度和節(jié)奏等)類似于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的層次元素。

就像音樂的音符和和弦數(shù)量有限,并使用不同的組合來創(chuàng)作音樂一樣,蛋白質(zhì)也有數(shù)量有限的構(gòu)建塊(20種氨基酸),這些構(gòu)建塊以多種方式組合在一起,創(chuàng)造出具有獨(dú)特特性的新型蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。每個(gè)氨基酸都有一種特殊的聲音特征,類似于指紋。

“任何音樂流派都有模式,”Buehler去年在采訪中說道,“你會(huì)看到聲音、音調(diào)的普遍性,但你也會(huì)看到重復(fù)的模式,如古典音樂中的主題和樂章。這些類型的模式也存在于蛋白質(zhì)中。”

幾年前,Buehler帶領(lǐng)MIT的科學(xué)家團(tuán)隊(duì)將蜘蛛絲線中的蛋白質(zhì)分子機(jī)構(gòu)映射到音樂理論中,以得到蛛絲的“聲音”,希望建立一種全新的方法來創(chuàng)造設(shè)計(jì)蛋白。

他們隨后開發(fā)了一個(gè)更先進(jìn)的系統(tǒng),用蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)制作音樂,再將其轉(zhuǎn)換回來,從而創(chuàng)造出自然界從未見過的新型蛋白質(zhì)。

團(tuán)隊(duì)還為Android智能手機(jī)開發(fā)了一款免費(fèi)的應(yīng)用,稱為氨基酸合成器(Amino Acid Synthesizer),因此用戶可以使用氨基酸的聲音,創(chuàng)造自己的蛋白質(zhì)“成分”。

“我們的大腦善于處理聲音,”Buehler解釋道,“在一次掃描中,我們的耳朵會(huì)識(shí)別出聲音的所有層次特征:音高、音色、音量、旋律、節(jié)奏和和弦。我們需要使用一個(gè)高倍顯微鏡才能看到圖像中的細(xì)節(jié),但我們無法看到所有細(xì)節(jié)。聲音是獲取存在蛋白質(zhì)中信息的一種非常優(yōu)雅的方式。”

新型冠狀病毒也并不例外。正如Buehler介紹的:“其突刺蛋白包含三條蛋白質(zhì)鏈折疊成的一個(gè)有趣的模式。這些結(jié)構(gòu)太小,無法用肉眼看到,但可以用耳朵聽到。我們將蛋白質(zhì)的物理結(jié)構(gòu)及其纏繞的鏈表示為交織的旋律,形成多層次的組合。突刺蛋白的氨基酸序列、二級(jí)結(jié)構(gòu)模式及其復(fù)雜的三維折疊都具有一定的特點(diǎn)。由此產(chǎn)生的作品是一個(gè)對(duì)位音樂的形式,在這種音樂中,兩個(gè)或幾個(gè)有關(guān)但是獨(dú)立的旋律組成一個(gè)和聲。就像一首交響樂,音樂模式反映了蛋白質(zhì)通過具體化其DNA代碼實(shí)現(xiàn)的交叉幾何結(jié)構(gòu)。”

Buehler認(rèn)為,更好地了解這些振動(dòng)模式對(duì)于將來設(shè)計(jì)有效的藥物治療至關(guān)重要,或許可以尋找具有相似旋律和節(jié)奏的蛋白質(zhì),從而使其成為有效的抗體,進(jìn)而限制病毒感染宿主的能力。

而在更美學(xué)的層面上,“這種音樂藝術(shù)教會(huì)了我們,作為對(duì)立的兩極,生與死之美之間存在的微妙的界限?!?

“病毒具有欺騙和利用宿主進(jìn)行自身繁殖的不可思議的能力。其基因組劫持了宿主細(xì)胞的蛋白質(zhì)制造機(jī)制,并迫使其復(fù)制病毒基因組并產(chǎn)生病毒蛋白來制造新的病毒。當(dāng)你聽到的時(shí)候,你可能驚訝于音樂令人愉悅、甚至是令人放松的音調(diào)。因?yàn)樗垓_我們的耳朵,就像病毒欺騙我們的細(xì)胞一樣。通過音樂,我們可以從新的角度看到SARS-CoV-2的突刺蛋白,并認(rèn)識(shí)到我們迫切需要學(xué)習(xí)蛋白質(zhì)的語言?!?

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