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[導(dǎo)讀]通過合作,英特爾與聯(lián)想將為華大基因提供全新的大數(shù)據(jù)分析技術(shù)和計(jì)算資源,進(jìn)一步提升其基因測序工具的分析能力,更高效地研究新型冠狀病毒的基因組特性。

3月3日,英特爾、聯(lián)想,以及華大基因共同宣布,三家公司正在攜手加快COVID-19新型冠狀病毒的基因組特性分析。來自英特爾及聯(lián)想的專業(yè)技術(shù)與生命科學(xué)專家將通力合作,為華大基因的研究人員提供全新的大數(shù)據(jù)分析技術(shù)和計(jì)算資源,進(jìn)一步提升其基因測序工具的分析能力,更高效地研究新型冠狀病毒的基因組特性。

據(jù)悉,英特爾和聯(lián)想攜手為華大基因提供的技術(shù)包括一個大型高性能計(jì)算集群,可用于處理從華大DNBSEQ-T7測序系統(tǒng)讀取的高通量數(shù)據(jù)。華大基因的研究人員將能夠通過全新的高性能計(jì)算和基因組分析技術(shù),以及英特爾和聯(lián)想的相關(guān)資源和專業(yè)知識,進(jìn)一步加速他們對新型冠狀病毒的基因組特性研究。該技術(shù)將支持科學(xué)家研究病毒的毒性、傳播模式、病原體與宿主間的相互作用,進(jìn)而助力流行病學(xué)及疫苗設(shè)計(jì)研究。這些工作對于未來創(chuàng)建更好的診斷方法和設(shè)計(jì)有效的疫苗,或其他保護(hù)性措施(例如免疫療法)是非常必要的。

通過這項(xiàng)合作,華大基因?qū)⒌靡岳^續(xù)優(yōu)化其新型冠狀病毒檢測試劑盒,并獲取大量有價值的信息,這些信息將有助于確定將來開發(fā)有效疫苗或治療方法的潛在靶標(biāo)。通過英特爾和聯(lián)想的共同努力,聯(lián)想的超算技術(shù)支持并優(yōu)化了“基因組優(yōu)化和可擴(kuò)展性工具”,(以下簡稱GOAST,首個獲得英特爾精選解決方案驗(yàn)證的基因組分析工具),可為全基因組測序和全外顯子測序的計(jì)算提供高達(dá)40倍的加速,助力華大基因優(yōu)化計(jì)算過程、高效處理數(shù)據(jù),更快地生成可靠的基因組分析成果,從而縮短科研和臨床觀察的時間。

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華大基因供圖:實(shí)驗(yàn)人員正在操作華大DNBSEQ-T7測序儀

英特爾公司市場營銷集團(tuán)副總裁兼中國區(qū)總經(jīng)理王銳表示:“目前,我們對這個新型冠狀病毒還有很多不了解的地方。華大基因通過分析病毒基因組數(shù)據(jù),加速對感染者的快速識別和基因組特性的研究,而這些工作需要投入巨大的計(jì)算資源,這恰恰是我們可以發(fā)揮作用的地方。因此,我們緊密攜手,為正在防疫一線進(jìn)行病毒研究的科學(xué)家提供更多的計(jì)算資源和專業(yè)支持,希望與狡猾的病毒賽跑,助力疫情防控,拯救更多生命?!?/span>

聯(lián)想集團(tuán)高級副總裁、企業(yè)科技集團(tuán)總裁童夫堯表示:“新型冠狀病毒肺炎的疫情牽動著全國人民的心,聯(lián)想作為全球領(lǐng)先的HPC廠商,一直致力于為生命科學(xué)研究提供計(jì)算力支持。來自英特爾及聯(lián)想的大數(shù)據(jù)分析和健康與生命科學(xué)方面的專家,將整合我們的資源及專業(yè)技術(shù),幫助解決目前面臨的嚴(yán)峻挑戰(zhàn),推動健康和生命科學(xué)的發(fā)展進(jìn)程?!?/span>

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華大基因供圖:華大DNBSEQ-T7測試儀

在基因測序工作中,每毫升體液通常會包含數(shù)百萬個不同的病毒體,而每個病毒體的基因組則包含大約3萬個DNA堿基或字母。華大基因正在對許多感染患者和疑似感染患者的微生物進(jìn)行基因測序,因此這些研究工作將會生成TB級乃至PB級的海量數(shù)據(jù)。要想高效地快速處理這些重要數(shù)據(jù),就需要采用更為先進(jìn)的HPC基礎(chǔ)架構(gòu)、計(jì)算技術(shù)以及優(yōu)化的基因組分析方法。

華大基因首席信息官晉向前表示:“華大基因已對數(shù)百份臨床樣本進(jìn)行了測序,以分析和區(qū)分感染的并發(fā)癥。生物信息學(xué)領(lǐng)域的技術(shù),例如基因組比對、基因組組裝、基因組注釋和病毒核酸片段的系統(tǒng)分析,是一個高密度的計(jì)算過程,因此足夠的高性能計(jì)算對于提高分析效率至關(guān)重要。能夠使用最新的高性能計(jì)算和基因組分析技術(shù),是提高分析效率的重要因素。該設(shè)備和技術(shù)將加快對新型冠狀病毒感染者的快速識別和病毒基因組特性的研究,為新型冠狀病毒的精準(zhǔn)診斷、治療和疫情防控提供強(qiáng)有力的支持?!?/span>

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