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[導讀]在生死時速的抗疫競賽中,速度越快越好。 在這場抗疫競賽的背后,超級計算機成為了加速器。 據 VentureBeat報道,IBM加入了由美國政府主導成立的COVID-19高性能計算聯(lián)盟,幫助研究人員部署

在生死時速的抗疫競賽中,速度越快越好。

在這場抗疫競賽的背后,超級計算機成為了加速器。

據 VentureBeat報道,IBM加入了由美國政府主導成立的COVID-19高性能計算聯(lián)盟,幫助研究人員部署預測模型,分析新冠疫情的發(fā)展過程,加速推進病毒治療進程。

面對病毒(包括 COVID-19病毒)這類新生化合物,研究人員會在實驗室中培養(yǎng)微生物并觀察其對引入的新生化合物的反應,逐漸縮小潛在變量的范圍。

不過,單獨的變量可能包含著數(shù)百萬甚至數(shù)十億個數(shù)據需要模擬,僅依賴研究人員的觀察,將是個巨大的挑戰(zhàn)。

目前,全球正處于抗擊疫情的非常時期。數(shù)據顯示,全球新冠病例確診已超33萬人(截至發(fā)稿),且海外多個國家正處疫情暴發(fā)期,確診數(shù)量還在不斷攀升。

在這場抗疫競賽中,時間是獲勝的重要因素。對病毒的了解多一點,對疫苗的研究更近一步,新冠病毒的威脅就少一分。

IBM研究總監(jiān)Dario Gil在博客中表示,在流行病學、生物信息學和分子建模的實驗中需要大量計算,如果手動進行,實驗需要數(shù)年才能完成。

如果在速度較慢的傳統(tǒng)計算平臺上操作也需要數(shù)月的時間,而超級計算機高性能的計算系統(tǒng)能夠快速解決這一計算問題。

據悉,IBM此次參與COVID-19研究的是Summit超級計算機,是目前世界上最強大的超級計算機。它由4608臺計算服務器組成,每個服務器包含2個22核心IBM Power9處理器,6個NVIDIA Volta V100 GPU。另外,Summit還擁有超過10PB的存儲器,其計算能力最高可達200PFlops。

在加入COVID-19高性能計算聯(lián)盟之前,Summit在新冠疫情研究中就已取得了突破。美國橡樹嶺國家實驗室(Oak Ridge National Laboratory)研究人員表示其團隊借助Summit尋找到可以對抗COVID-19的最有效的現(xiàn)有藥物。

經查詢,其研究成果已發(fā)表至《ChemRxiv》雜志,論文題為“Repurposing Therapeutics for COVID-19: Supercomputer-Based Docking to the SARS-CoV-2 Viral Spike Protein and Viral Spike Protein-Human ACE2 Interface”。

在此項研究中,研究人員從8000多種化合物入手,借助Summit的算法尋找可以與蛋白質結合并阻止病毒發(fā)揮作用的藥物。

初步結果顯示,目前Summit已篩選出77種化合物能夠與Spike蛋白結合,阻止病毒表面的份子與人類細胞上的血管緊張素轉換酶2(angiotensin-convertingenzyme 2,ACE2)受體相連。

值得說明的是,盡管Summit計算能夠在病毒研究方面發(fā)揮作用,但并不能夠自行設計出一種治療方法,其臨床分析過程并不理想,還需醫(yī)療機構對已篩選出的化合物進行評估、測試才能用于臨床試驗。

另外,Summit輔助研究的方法僅是幫助緩解COVID-19的癥狀并提高存活率,而非疫苗研制。

不過,在COVID-19高性能計算聯(lián)盟中,除了IBM,還包括了Google、微軟、美國能源部、倫斯勒理工學院等其他公司以及學術機構;而這些機構的計算能力同樣在病毒研究中發(fā)揮著作用。

亞馬遜AWS部門啟動一項計劃,為研究機構和公司提供技術支持,推進COVID-19在診斷、治療、疫苗等方面的研究。同樣,微軟也表示將通過擴展對Azure和高性能計算能力的訪問,與科學家合作,為抗擊 COVID-19 的研究人員提供所需工具。

倫斯勒理工學院將其人工智能多處理優(yōu)化系統(tǒng)計算機(AiMOS)部署在倫斯勒計算創(chuàng)新中心,該學院表示正與研究機構接觸,支持與COVID-19有關的研究。

越來越多的力量加入了抗疫競速之中,面對新冠病毒這一全人類的共同敵人,多方合力,抗疫成效終會呈現(xiàn)“1+1>2”。

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